Im Kern ist Yakuza: Like a Dragon eine Underdog-Geschichte. Der neue Protagonist Ichiban Kasuga, Mitglied einer eher unbedeutenden Yakuza-Familie, muss sich sein Glück hart erarbeiten. Er büßte für ein Verbrechen, das er nicht begangen hat, um seinen Patriarchen und die Vater-Figur Masumi Arakawa zu schützen. Nachdem er 18 Jahre einsaß, entdeckt er, dass sein früherer Clan fast vollkommen zerschlagen wurde. Die wenigen, verbleibenden Mitglieder werden auf der Straße gejagt - möglicherweise ist sein alter Patriarch dafür verantwortlich. Ichiban spürt, dass er betrogen wurde. Er will die Wahrheit herausfinden - und damit beginnt die Story von Yakuza: Like a Dragon.
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